W Japonii historię Soto Zen otwiera jego najsłynniejszy patriarcha Ehei Dogen Zenji. Dogen Zenji żył w latach 1200–1253. Rozpoczął swoją praktykę w szkole Tendai, która rozwijała się w Japonii od IX wieku. Jako młody chłopiec przyjął święcenia mnisie w wieku trzynastu lat w głównym ośrodku Tendai na górze Hieizan.
W wieku 15 lat spotkał pierwszego japońskiego nauczyciela zen – Eisai Zenji, który był nauczycielem Rinzai w tak zwanej linii Oryo. Dwa lata później Eisai Zenji zmarł i Dogen kontynuował praktykę Dharmy pod kierunkiem następcy Eisai Zenji – Myozen Zenji. W wieku dwudziestu trzech lat Dogen Zenji udał się do Chin razem ze swoim nauczycielem Myozen Zenji, od którego otrzymał wcześniej przekaz Dharmy w linii Oryo szkoły Rinzai.
W wieku dwudziestu pięciu lat spotkał Nyojo Zenji, który był mistrzem w klasztorze Tendozan. Pod kierunkiem Nyojo Zenji urzeczywistnił oświecenie i otrzymał od niego przekaz Dharmy w jednej z najważniejszych linii Soto Zen w Chinach i mając dwadzieścia siedem lat powrócił do Japonii.
Dogen Zenji okazał się niezwykle charyzmatycznym nauczycielem i miał sześciu następców Dharmy – pięciu mnichów i jedną mniszkę.
Dogen Zenji złożył pierwszy klasztor zen zgodnie z regułami chińskich klasztorów zen. Klasztor ten o nazwie Koshoji, znajdował się niedaleko Kyoto, w cichym i malowniczym miejscu otoczonym górami i okolony rzeką. Choć w Japonii Eisai Zenji założył pierwszą świątynię zen – Kenninji, to jednak nie była to świątynia wybudowana zgodnie z regułami zen i formalnie wciąż należała do szkoły Tendai i była poddana jej jurysdykcji przez kilkaset lat.
W 1243 roku Dogen Zenji założył klasztor Eiheiji, który do dzisiaj jest najważniejszym klasztorem Soto Zen w Japonii.
W ciągu dwudziestu sześciu lat nauczania Dogen Zenji dał niezliczoną ilość nauk, które zostały wydane w różnych tomach. Najsłynniejszym dziełem jest Shobogenzo – Skarbnica Oka Prawdziwej Dharmy. Oprócz tego wydane zostały Eihei Koroku – Zapiski Eihei w pięciu tomach. Są to różne nauki i mowy Dogena Zenji zarówno z okresu w Koshoji jak i Eiheiji.
Ponadto napisał wiele reguł klasztornych, reguł dla mnichów i inne prace będące pouczeniami do praktyki i nauki związane z życiem w klasztorze.
Najważniejszym uczniem i następcą Dogena Zenji był Koun Ejo Zenji. Konu Ejo Zenji żył w latach 1198 – 1290. Był głównym kompilatorem nauk swojego nauczyciela Dogena Zenji.
Następcą Kouna Ejo Zenji był Tetsu Gikai Zenji. Tetsu Gikai Zenji był odpowiedzialny za rozbudowę Eiheiji. W tym celu wyjechał na siedem lat do Chin, gdzie studiował z różnymi nauczycielami i jednocześnie poznawał architekturę chińskich klasztorów zen. Napisał na ten temat ważną pracę, która należy dzisiaj do zbioru skarbów tradycji Soto Zen w Japonii.
Głównym uczniem Tetsu Gikai Zenji był Keizan Jokin Zenji, który żył w latach. Keizan Jokin założył drugi ważny klasztor Soto w Japonii – Sojiji. Sojiji stał się najsilniejszym ośrodkiem Soto i miał rangę równą Eiheiji. Jednakże Sojiji i jego opaci najbardziej przyczynili się do rozwoju i popularyzacji Soto w Japonii. Keizan Zenji był podobnie jak Dogen Zenji bardzo aktywnym nauczycielem. Napisał wiele prac spośród których najważniejsze jest Denkoroku – Zapiski Przekazu Światła. Denkoroku jest historią linii zen od czasów Siakiamuniego Buddhy do Koun Ejo Zenji. Każdy z patriarchów Indii i Chin jest opisany w specyficzny sposób, to znaczy opisana jest jego historia oświecenia. To sprawia, że Denkoroku nie jest jedynie biografią patriarchów, ale wskazuje w każdym przypadku najważniejszą i ostateczną prawdę przekazywaną w linii Soto Zen.
Keizan Zenji rozszerzył reguły klasztorne i ustanowił oraz skodyfikował ostatecznie różne rytuały i praktyki wykonywane w ciągu dnia, miesiąca i roku w klasztorze Soto.
Keizan Zenji miał dwóch wielkich następców: Meiho Sotetsu Zenji i Gasan Joseki Zenji. Od nich wywodzą się dwie główne linie przekazu Dharmy. Okres ich działalności cechuje wielki rozwój Soto w Japonii. Przez cały XIV i XV wiek pojawiła się nagle olbrzymia ilość nauczycieli, mistrzów i patriarchów Soto Zen. Zostało założonych wiele ważnych klasztorów w różnych częściach Japonii, które stały się lokalnymi ośrodkami o wielkim wpływie porównywanym z Eiheiji i Sojiji.
Każdy klasztor miał swoich patriarchów i własne linie przekazu. Spowodowało to wyraźny wzrost świadomości wśród praktykujących, którzy silnie utożsamiali się z liniami przekazu Dharmy, w obrębie których otrzymywali nauki i instrukcje. W konsekwencji spowodowało to wzmocnienie pozycji tradycji Soto w poszczególnych regionach i prowincjach Japonii.
Okres pomiędzy XV i XVII wiekiem był okresem stabilizacji w historii Soto w Japonii. Po rozkwicie i powstaniu ważnych ośrodków na terenie całego kraju zaczęły pojawiać się symptomy zahamowania i utraty impetu. Niektórzy naukowcy i historycy Soto mówią o okresie upadku, ale raczej należy powiedzieć o czasie spokoju i obniżonej energii, co było związane z wyczerpywaniem możliwości jakie dla tego rozwoju istniały. Ten proces wydaje się naturalny. Okresowi wzrostu zawsze towarzyszy okres stagnacji. Upadek implikuje negatywne zjawiska związane z zanikiem, ale studiując dokładnie historię tego okresu trudno mówić o upadku tak jak dzisiaj jest to rozumiane.
Po tym okresie regresu nastąpił ponownie okres dużego ożywienia tradycji Soto. W XVII wieku pojawiło się wielu wybitnych i wpływowych nauczycieli. Do najsłynniejszych należeli Manzan Dohaku, Gesshu Soko, Tenkei Denson, Menzan Zuiho, Tokuo Ryoko, Dokuan Genko i wielu innych.
Okres ten w Japonii był najbardziej spokojny w historii politycznej Japonii. Prawdopodobnie miało to również wpływ na religię. XV i XVI wiek były pełne wojen i wielkiego spustoszenia, które ze sobą niosły walki, a to mogło mieć wpływ na życie w klasztorach, które też padały ofiarą zniszczenia.
Powracając do okresu XVII – XIX wieku w historii Japonii nosi on nazwę Tokugawa, od nazwiska rodziny shogunów, którzy rządzili Japonią w tym czasie. Okres Tokugawa zaznaczył się odbudową starych klasztorów spalanych czy to w czasie wojen czy zniszczonych z przyczyn naturalnych.
W XIX wieku znowu nastąpiły poważne zmiany polityczne w Japonii i wolność wszystkich szkół buddyjskich została poważnie ograniczona. Od 1868 roku zaczął się okres Meiji, bardzo znaczący w historii Japonii i jej sąsiadów, ponieważ wtedy wprowadzono Japonię na drogę nowego rozwoju w stylu zachodnim. Nastąpiła wówczas zmiana rządów i dokonano politycznego zamachu na buddyzm i nastąpił okres poważnych represji antybuddyjskich. Buddyzm był postrzegany przez rząd, jako przeszkoda w nowej polityce państwa. W 1875 roku powołano ministerstwo religii mające kontrolować poczynania wszystkich szkól buddyjskich. Wymuszono różnego rodzaju przepisy państwowe regulujące działania poszczególnych szkół buddyjskich powodując ich izolację, co było przyczyną zamknięcia się poszczególnych tradycji w ich własnym obrębie, gdyż musiały się określić wobec państwa jako skrystalizowane instytucje z jasnymi statutami i w pewnym sensie zanikł duch swobody w praktyce Dharmy. Wcześniej praktyka Dharmy nie była niczym ograniczana i mnisi poszczególnych tradycji mieli swobodę wyboru klasztorów, nauczycieli i tradycji, która nie musiała odpowiadać tradycji, w której ktoś został wyświęcony.
Ten kaganiec narzucony przez rząd spowodował proces skostnienia poszczególnych tradycji i zanik swobodniejszej wymiany. Co więcej klasztory w latach 70 – tych XIX wieku, zostały pozbawione podstaw ekonomicznych z powodu konfiskaty ziemi klasztornej, która była głównym źródłem utrzymania. Klasztory zaczęły gwałtownie pustoszeć, i cała sytuacja w kraju była wyjątkowo niesprzyjająca dla praktyki Dharmy.
Z powyższych przyczyn tradycja Soto zaczęła podupadać w drugiej połowie XIX wieku. W końcu spotkało się to z reakcją mnichów Soto, którzy kierowani ideałem Drogi Buddhy zaczęli usilnie dążyć w swojej praktyce do utrzymania prawdziwej Dharmy. Pojawili się wówczas wybitni nauczyciele tacy jak Nishiari Bokusan, Akino Kodo, Oka Sotan, Hara Tanzan i inni.
W pierwszej połowie XX wieku było dwóch wielkich nauczycieli. Od około 1915 roku zaczął aktywnie nauczać Harada Sogaku Roshi (1870–1961), a w okresie międzywojennym Sawaki Kodo Roshi (1880–1966). Obydwaj wielcy mistrzowie mieli duży wpływ na buddyzm w Japonii, nie tylko na Soto Zen.
Dzisiaj na uwagę zasługują tacy nauczyciele jak Harada Tangen Roshi, Harda Sekkei Roshi, Matsubara Tairyu Roshi, Itabashi Koshu Roshi, Miyazaki Ekiho Roshi, Honda Tekifu Roshi, Murakami Kosho Roshi, Shihomi Dogen Roshi i wielu innych. Wszyscy wymienieni nauczyciele są już w podeszłym wieku lub zbliżają się do siedemdziesiątki. Można mieć tylko nadzieję, iż w młodszym pokoleniu pojawią się równie wybitni nauczyciele.