EIHEIJI — ten klasztor powstał w 1244 roku i jego założycielem był Dogen Kigen Zenji, zwany później Eihei Dogen Zenji. Znajduje się w Prefekturze Fukui, w górach, z dala od siedzib ludzkich. Klasztor liczy dzisiaj około 70 budynków różnej wielkości. Historycznie jest to najważniejszy klasztor Soto, prowadzący też największy w Japonii trening mnichów. W Eiheiji stale przebywa i praktykuje około 200 mnichów. Z klasztorem związanych jest i podlega mu około 1500 świątyń publicznych na terenie całej Japonii skupiających około 8 milionów świeckich wiernych. Obecnie opatem jest Jego Świątobliwość Eiheiji Geika Miyazaki Ekiho Zenji, który urodził się w 1901 roku i obecnie (2005 r.) liczy sobie 104 lata.
KOSHOJI — był w rzeczywistości pierwszym klasztorem zen założonym w 1236 roku przez Dogena Zenji w dzisiejszym Uji, blisko Kyoto. Dogen Zenji przebywał w nim w latach 1230—1243. Sam klasztor został oficjalnie otwarty w 1236 roku, ale do tego czasu Dogen Zenji zamieszkiwał przez sześć lat w niewielkiej pustelni w tym samym miejscu. Był to pierwszy klasztor Soto Zen i pierwszy klasztor zen wybudowany zgodnie z regułami z jakimi powinny być budowane klasztory zen. To w tym klasztorze Dogen Zenji wybudował Sodo — Sanktuarium Mnichów, które często określa się jako zendo. Sodo Koshoji służyło po raz pierwszy w Japonii jako właściwe miejsce odosobnień i medytacji mnichów zen. Z czasem znaczenie Koshoji zaczęło słabnąć, aż w roku 1649 zostało ponownie otwarte przez Banan Eishu Zenji. Od XVII do XIX wieku klasztor ten był często prowadzony przez następców słynnego mistrza z XVII wieku — Tenkei Denson Zenji.
SOJIJI — założony w 1321 roku na półwyspie Noto nad Morzem Japońskim w dzisiejszej Prefekturze Ishikawa. Jego założycielem był Keizan Jokin Zenji. Sojiji stał się po śmierci Keizana Zenji głównym klasztorem Soto Zen będąc władzą zwierzchnią dla 90% wszystkich świątyń Soto w Japonii. W 1898 roku klasztor Sojiji został przeniesiony do Yokohamy koło Tokio. Jeśli chodzi o liczbę praktykujących w nim mnichów jest drugim po Eiheiji klasztorem w Japonii. Obecnym opatem jest Jego Świątobliwość Sojiji Geika Omichi Zenji.
SHOBOJI — założony w 1348 roku przez Mutei Ryosho Zenji. Mutei Ryosho Zenji był uczniem dwóch wielkich mistrzów Meiho Sotetsu Zenji i Gasan Joseki Zenji oraz następcą tego ostatniego. Shoboji znajduje się w Prefekturze Iwate w północno-wschodniej Japonii, kilkaset kilometrów na północ od Tokio. Przez wieki Shoboji był głównym klasztorem w tej części Japonii i odgrywał wielką rolę w rozprzestrzenianiu Dharmy w tym regionie zdobywając tym samym ważną pozycję w szkole Soto. Dzisiaj wciąż pozostają imponujące budynki i cały klasztor jest położony w górach z dala od zgiełku. Niestety jego rola w treningu mnichów znacznie zmalała, choć klasztor ma ważne miejsce w historii tradycji Dharmy.
SAIJOJI — Założony przez Ryoan Emyo Zenji w 1394 roku. Ten klasztor służył jako główny ośrodek Soto we wschodniej Japonii, będąc główną siedzibą tzw. Linii Ryoan, szkoły Tsugen. W ciągu wieków pojawiło się w nim wielu wybitnych mistrzów. Klasztor znajduje się około 100 km od dzisiejszego Tokio wysoko w górach. Jest to trzeci w hierarchii co do ważności klasztor Soto. Wielu jego opatów obejmowało stanowisko głównego opata klasztoru Sojiji w Yokohamie. Do słynnych mistrzów w XIX i XX wieku należeli Hara Tanzan Zenji oraz Koho Chisan Zenji. Ostatnim opatem Saijoji był Yogo Suigan Roshi, który był wielkim uczonym Soto. Obecnie opatem jest Ishizuki Shuko Roshi, który choć otrzymał Shiho — Przekaz Dharmy od innego nauczyciela, został poproszony przez Suigan Roshi, by objął pozycję Opata Saijoji.