Dogen Zenji był wyjątkowym nauczycielem. Od 1227 roku do 1252 roku dał wiele nauk, które odnoszą się do wszelkich aspektów praktyki i nauki buddyjskiej. Jego najlepiej znanym dziełem jest Shobogenzo – Skarbnica Oka Prawdziwej Dharmy. W pełnym wydaniu Shobogenzo liczy sobie 95 rozdziałów, które składają się z mów Dogena Zenji wygłoszonych do uczniów w klasztorze. Tematy poruszone w tym dziele dotyczą mnichów, wyświęcenia, wskazań, szat buddyjskich, praktyki Dharmy, zazen, Bodhicitty, karmy i wielu innych. Wiele rozdziałów omawia również koany zen.
Siusiogi tłumaczone na język polski jako Znaczenie Praktyki i Oświecenia powstało w XIX wieku i jest kompilacją różnych nauk Dogena Zenji. Składa się z pięciu rozdziałów, a omawia wszystkie podstawowe kwestie praktyki Mahajany.
Gakudo Yojin Shu – Zbiór Instrukcji dla Praktykujących Drogę. Jest to osobny tekst nie należący do zbioru Shobogenzo. W tym tekście Dogen Zenji wyjaśnił praktykującym mnichom jak powinni praktykować i z jaką motywacją, kładąc nacisk na Bodhicittę i potrzebę nauczyciela.
Ogólne Zalecenia do Praktyki Zazen jest pierwszym tekstem Dogena Zenji napisanym zaraz po powrocie do Japonii w 1227 roku. To krótki i esencjonalny tekst do którego dano w ciągu ostatnich 700 lat niezliczone komentarze. Opisuje bardzo dogłębnie czym jest prawidłowa praktyka zazen.