Obecnie Soto Zen w Japonii ma ponad 20 aktywnych klasztorów, które prowadzą intensywną edukację i praktykę dla mnichów. Do najbardziej znanych należą Eiheiji, Sojiji obecnie w Yokohamie, Saijoji, Shoboji, Hoshhinji, Daijoji, Zuiganji oraz Shogoji.
Samych świątyń publicznych Soto Zen w Japonii jest obecnie około 14-15 tysięcy powodując tym samym, iż Soto Zen jest największą pojedynczą szkołą buddyjską w Japonii.
Całą szkołą Soto zarządza Główny Urząd Soto — Sotoshu Shumucho, którego siedziba mieści się w Tokio. Shumucho zajmuje się prawidłowością edukacji mnichów Soto, działalnością klasztorów, decyzjami w sprawie obsadzania opatami i nauczycielami klasztorów oraz promocją i propagowaniem Soto Zen w Japonii i na świecie.
Adres Shumucho:
Sotoshu Shumucho, 2-5-2 Shiba, Minato-ku,Klasztory treningowe, tzw. Senmon Sodo dla w pełni wyświęconych mnichów:
Wyżej wymienione klasztory prowadzą wyłącznie praktykę zamkniętą dla mnichów Soto oraz zajmują się ich edukacją klasztorną. Okres praktyki w klasztorze nie jest ograniczony czasowo, ale zazwyczaj trwa kilka lat. W pełni wykształcony mnich posiada odpowiednią wiedzę by prowadzić publiczną świątynię dla świeckich wyznawców oraz właściwą wiedzę religijną i doktrynalną. Oprócz wiedzy merytorycznej powinien mieć również właściwą wiedzą na temat różnych praktyk buddyjskich oraz medytacji zgodnie z otrzymanymi od nauczycieli instrukcjami w okresie praktyki klasztornej.
Oprócz klasztorów szkoła Soto Zen prowadzi Uniwersytet Buddyjski Komazawa w Tokio, wraz z dwoma instytutami — naukowym i religijnym, oraz ponad dwadzieścia innych uniwersytetów i szkół na poziomie gimnazjum i liceum na terenie całej Japonii, gdzie młodzi mnisi zdobywają edukację zarówno religijną jak i świecką.
System religijnej edukacji szkolnej odpowiada państwowemu systemowi edukacji i dyplomy ukończenia są honorowane przez wszystkie instytucje i urzędy. Dzięki temu nie opuszczając systemu religijnego można zdobyć pełną edukację oraz wszystkie tytuły naukowe łącznie z doktoratem i osiągnąć akademicki tytuł profesorski.
Tym samym szkoła Soto Zen w Japonii przystosowała się do wymogów współczesnego państwa, gwarantując swym mnichom pełną edukację na każdym poziomie.